Нет. Можешь сравнять город с землёй, и непрерывно штурмовать организации - ни чего не измениться. Зато! Когда ты штурмуеш организацию, ты нанасишь её ушерб. У нее потом не будет денег для того чтобы напасть на тебя. Лучшая зашита - это нападение!!!
Смотря что ты понимаешь под "полным уничтожением". Если хорошая у тебя аваиция - можешь подлететь к зданию врага и разбомбить его по-быстрому. (По-быстрому, потому, что из-под развалин обычно вылезают злые "дядьки" и больно пинаются ;). Что же касается рейдов одних организаций другими, то тут могу посоветовать самому думать. Если ты дружишь с Мегаполом - отомсти Псайку. Это укрепит (или сделает более дружественными) их отношения с твоей организацией. Если сделаешь наоборот - ни Псайк тебя не полюбит, да и Мегапол может неадекватно к тебе отнестись. ;)
Если организация по отношению к тебе враждебна, а у тебя как-раз в этот момент напряг с деньгами (например, начало игры), то по-просту делай на них набеги, т. е. "мочи" охрану здания и собирай трофеи. Так "Культ Сириуса" - он, как ни старайся, станет тебе враждебным - можно "прочесывать" в самом начале игры и собирать по 30 - 50 тыс. денег. А что касается твоего вопроса конкретно, то воообще организацию убрать нельзя, да и не нужно.